Die Lösung habe ich schließlich nach vielem Probieren selber herausgefunden:
Wenn man das Programm startet, sollte man nach dem zum Ende des ersten Stückes auf das Register „Audiogeräte“ gehen. Sobald eine Pause auf der Grafik „Statistik des Aufnahmepegels für 10 Sekunden“ zu sehen ist, den Button PAUSENERK. OPTIMIEREN anklicken. Daraufhin stellen sich die Pausenerkennungswerte und der Aufnahmepegel neu ein.
Dann hat es einwandfrei funtioniert
Falls Ihr die Lautstärke eurer Anlage nie verändert (lol) könnt Ihr jetzt auf Einstellungen speichern klicken. Ansonsten jedesmal wieder diese kurze Prozedur durchführen.